В сражении с ведьмой Мадока теряет свою подругу Саяке. Камень ее души заполнился скорбью, и как ни старалась Мадока не отпускать руку девочки, случилось непоправимое, она стала ведьмой. В сердце Мадоки поселились боль и ненависть, она не понимает, что ей дорого, что нужно защищать.
Древняя цивилизация Кюбеев озабочена возрастанием концентрации энергии во Вселенной, если не остановить процесс накопления, многие обитатели космоса могут погибнуть. С этой целью Кюбеи разработали специальную технологию переработки энергии в эмоции, поглощающие значительную ее часть. Например, дерево, сгорающее в пламени костра выделяет значительно меньше энергии, чем было затрачено на его развитие. Эмоции у Кюбеев считаются психическим отклонением, по этой причине они придумали заключать контракты с земными девушками, наделяя их Камнем души. Неустанно сражаясь со злом, отважные бойцы защищают людей от проклятья колдуний, но платят за это отчаянием, которое накапливается в Камне. Когда он переполняется, девушка становится ведьмой. Круг замыкается. Разве добро не может одержать победу над злом?
Вверх